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实验室实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制。本实验室拥有相对独立的运行管理机制，实行主任负责制，实验室主任对实验室的发展和管理全面负责，并在民主集中制的原则下负责实验室的重大事项的决策。办公室具体负责实验室的日常运转和管理，其中包括实验室公共资源的购置、基础设施的建设及维护，公共资金的使用、年报材料的收集整理，学术年会的召开，开放基金指南的发布及受理申请、实验室评估材料，实验室网页建设与维护、各项规章制度的起草及监督执行等实验室全局工作的组织与协调。具体的运行管理机制如下：
（1）实验室主任负责制。实验室主任全面负责实验室的工作。根据实验室管理条例的有关条款进行实验室的管理工作，定期召开实验室主任工作会议和课题组首席专家会议研究工作，制定政策以稳定实验室的固定技术队伍及促进科研人员的流动和学科的相互渗透，努力吸收和培养青年科技人员，吸收有成就的出国留学、进修人员来本实验室工作，保持实验室科研人员队伍合理结构。实验室主任按照学术委员会确定的研究方向及审定的研究课题负责科研课题的组织管理，定期召集实验室主任工作会议落实科研计划的实施和经费的管理使用；定期向上级主管部门和学术委员会汇报工作，在任期内努力把实验室办成跻身于世界先进行列的科学研究基地和人才培养中心。实验室副主任分工负责负责实验室的基础建设和技术管理，保证设备和仪器的正常运行和良好维护，组织日常的学术交流和学术刊物的出版，检查各课题的年终进展和已完成课题的总结工作。
（2）实验室学术委员会评审制。实验室学术委员会由国内外科学家中选聘组成，学术委员会是实验室的学术领导机构，负责决定实验室的科研方向、审定研究课题、监督经费使用、协调开放事宜，制定开放基金项目申请指南，审批开放基金申请，组织论文答辩及成果评价；每年至少组织一次学术研讨会。
（3）实验室人员实行聘任制。实验室在国内外公开招聘学科、学术带头人和课题首席专家及主要固定研究人员；流动人员和客座研究人员则根据研究工作的需要和争取到课题的实际情况进行招聘，其流动编制经实验室主任核准后，相关费用由课题组负担；根据实验室运行管理需要，聘任一定数量的技术人员和辅助管理人员。
（4）运行管理信息化、规范化。按照《国家重点实验室管理信息统计年报》要求的项目进行信息管理，建立实验室管理的信息网络系统实验室，向外界发布研究成果、学术动向。自从1994年以来实验室制订了一系列内部管理规章制度，使实验室的日常运行管理规范化、科学化。
实验室内部管理规章制度
名称 |
制定时间 |
执行时间 |
修订时间 |
实验室管理办法（试行） |
1994 |
1995 |
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固定研究人员管理办法（试行） |
1994 |
1995 |
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客座研究人员管理办法（试行） |
1994 |
1995 |
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实验室开放基金指南 |
1994 |
1995 |
2003 |
实验室开放基金管理办法 |
1994 |
1995 |
2003 |
实验室分室管理规章制度 |
1994 |
1995 |
2003 |
实验室岗位职责 |
1994 |
1995 |
2003 |
实验室管理办法 |
2000 |
2001 |
2003 |
固定研究人员管理办法 |
2000 |
2001 |
2003 |
客座研究人员管理办法 |
2000 |
2001 |
2003 |
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