地下水科学研究与开发中心在原优势专业－水文地质基础上，依托环境地质博士点及环境科学与环境工程硕士点，整合相关专业人员组成。支撑实(试）验室有地下水模拟试验室、地下水露天试验场、地下水数值模拟实验室及环境水文地球化学、环境工程实验室和微生物实验室。中心主要研究方向有地下水资源评价开发与管理、地下水污染评价与控制、工程地下水评价与控制及依赖地下水的生态系统评价与控制等。主攻方向为地下水污染风险评价尤其针对有机污染物的风险评价及地下水污染物清除以及放射性废物处置场选址水文地质安全评价。